Studi Islam Interdisipliner adalah merupakan jurusan Fakultas Dirasah Islamiyah. Fakultas ini menjadi ruh yang diharapkan dapat mewarnai seluruh fakultas dan jurusan di UNU Yogyakarta sebagai universitas kader.

Fakultas Dirasah Islamiyah nantinya terdiri atas tiga distingsi keilmuan. Pertama, fakultas ini berbasis keilmuan pesantren yang mendasarkan pada turats-turats pesantren dan akan merujuk pada Islam Nusantara. Kedua, intenasionalisasi,yaitu pengembangan bahasa seperti bahasa Inggris agar para kader dari Fakultas Dirasah Islamiyah mampu menawarkan khazanah-khazanah keilmuan pesantren ke dunia luar.

Ketiga, pengkaderan. Pengkaderan yang akan dikembangkan UNU Yogyakarta adalah menjembatani ilmu-ilmu yang ada di ma’had-ma’had atau pesantren dengan ilmu-ilmu yang sudah ada di perguruan tinggi Islam. Pengkaderan ini diharapkan akan melahirkan kader-kader NU yang menguasai turats-turats pesantren dan bisa mengkonteksualisasikan dengan perkembangan zaman.

Dengan ketiga distingsi utama tersebut, yakni Islam Nusantara, Internasionalisasi dan Pengkaderan, diharapkan fakultas ini akan mencetak kader-kader NU yang menguasai ilmu pesantren sekaligus bisa mengkonteksualisasikan dengan zaman dan bisa menawarkan ke dunia luar dengan kemampuan bahasa yang dimiliki.

Selain menjadi ruh UNU Yogyakarta, fakultas Dirasah Islamiyah juga menjadi program jurusan sendiri yang diproyeksikan menjadi boarding university tanpa harus membangun pesantren pada umumnya. Sebagai gantinya, UNU Yogyakarta akan bekerja sama dengan pesantren-pesantren yang ada di DIY dengan menitipkan para mahasiswa untuk tinggal dan belajar di pesantren.

Mahasiswa yang nanti kuliah di Fakultas Dirasah Islamiyah ini akan dibekali dengan kemampuan metodologis ilmu-ilmu pesantren untuk melakukan analisis. Dalam proses perkuliahan, mahasiswa akan diberian dan dihadapkan dengan berbagai kasus untuk diselesaikan. Ketika lulus, para kader akan didistribusikan ke Pengurus Cabang NU, Majelis Wakil Cabang NU di berbagai daerah untuk memperkuat kajian keislaman dan mencetak kader-kader syuriah NU ke depan.