UNU Yogyakarta menjalin kerjasama dibidang pendidikan bersama dengan Kantor Wilayah Kementerian Agama Republik Indonesia Wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta. Dalam kerjasama ini, UNU Yogyakarta siap memberikan kelas pendidikan untuk karyawan Kanwil Kemenag di seluruh Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, sehingga aplikasi pembelajaran dihadapkan pada pemecahan masalah yang dihadapi oleh Kemenag dengan bimbingan pengajaran oleh civitas akademika dari UNU sendiri.